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En el año de 1799 ya presentaba el Jardín un excelente aspecto. D. Alonso en compañía del médico y botánico Pedro María Augusto Broussonet, que en julio de ese año había llegado a Tenerife, relata en uno de sus escritos “...el Comisario de relaciones mercantiles de la República Francesa Sr. Broussonet no pudo menos de felicitarme con entusiasmo y me repitió varias veces que según los principios del Jardín, su distribución y la riqueza que ya encerraba (aunque era de corto número) sería el mejor de su especie”.
Se inició a partir de aquellas fechas la exportación de endemismos canarios hacia los jardines botánicos europeos y comenzaron a llegar a la isla especies arbóreas exóticas con fines de aclimatación muchas de las cuales fueron utilizadas en Canarias y en Tenerife en especial como nuevos recursos agrícolas y con fines ornamentales. Progresivamente fueron integrándose en las nuevas alamedas, jardines públi- cos y privados así como en huertos y fincas agrícolas. Fallecido el Marques de Villanueva del Prado sus herederos dejaron caer al jardín en un estado lamentable de abandono hasta 1860.
En los principios del siglo XIX permaneció unos meses en la isla el naturalista polifacético Jean Baptiste Bory Saint Vincent quien a la edad de 23 años escribió un importante trabajo sobre el archipiélago titulado “Essai sur les Îles Fortunées et L’antique Atlantide. Précis de L’Histoire General de l’Archipel des Canaries” publicado en París en 1803. Desde el punto de vista botánico destaca en este muy documen- tado libro el primer catálogo florístico canario. Se trata de un documento incompleto y con numerosos errores pero suficiente para tener un primer conocimiento bastante aproximado sobre la Flora y Vegetación Canaria. Los interesantes comentarios del autor sobre el uso de numerosas especies, en especial de las endémicas, pueden considerarse como una de las primeras contribuciones pioneras sobre los co- nocimientos etnobotánicos de la Flora Canaria. Cita para Santa Cruz 14 especies. El balo y el cornical en todos los entornos de la ciudad, olivos silvestres, tres especies de jazmines y curiosamente Justicia hyssopifolia que entre otras me han parecido las más llamativas.
El mes de octubre de 1803, obtuvo Santa Cruz el título de “Muy Leal Noble e Invicta Villa” lo que cambió completamente su modo de ser y el rango que hasta entonces ocupaba en el archipiélago. El linde del término municipal fue limitado con todo detalle y finalmente el 5 de diciembre de aquel año fue elegido el primer Ayuntamiento cuyo alcalde fue D. José María de Villa. Estos años de principio de siglo fueron políticamente turbulentos junto a la inestabilidad política nacional y la invasión napoleónica se incrementaron los conflictos entre las tres ciudades del archipiélago, La Laguna, Las Palmas y Santa Cruz. En septiembre de 1810 se inicia la epidemia de fiebre amarilla que hizo estragos en Santa Cruz.
El año de 1811 D. Francisco Mandillo instaló un establecimiento de su propiedad en el extremo occidental de la calle de Santa Rita (hoy Viera y Clavijo) esquina al paseo de Los Coches (hoy Rambla de Santa Cruz) dedicado a jardín de aclimatación de plantas.
El 6 de mayo de 1814 aportaron en el Puerto de la Orotava el geólogo alemán Leopold von Buch y el médico botánico noruego Christen Smi- th. Von Buch fue el autor de la primera descripción geológica del archipiélago y Smith fue el autor de un catálogo taxonómico de plantas.